Die Diasammlung des Instituts umfasst z. Zt. ca. 10.000 Diapositive aus allen Bereichen der Medizingeschichte und wird laufend mittels einer institutseigenen Reproanlage erweitert. Die Erschließung der Bestände erfolgt durch die chronologisch-systematische Aufstellung und zusätzlich durch einen Schlagwortkatalog. Die Ausleihe einzelner Dias ist nach Rücksprache möglich.

Der thematische Schwerpunkt der Diathek liegt im lateinischen, arabischen und byzantinischen Mittelalter und entspricht damit den Forschungsinteressen des Institutsgründers und langjährigen Direktors Prof. Dr. Heinrich Schipperges. Zu nennen sind aus diesem Bereich etwa Dias zu Hildegard von Bingen sowie Buchillustrationen aus den "Belles Heures des Jean Duc de Berry" (15. Jahrhundert) oder dem Nürnberger Hausarzneibuch (15. Jahrhundert). Daneben existieren auch reiche Bestände zur griechisch-römischen Antike, zu den frühen außereuropäischen Hochkulturen (Indien, Japan, China, Altamerika) und zur Paläopathologie. In den letzten Jahren wurden unter Institutsdirektor Prof. Dr. Wolfgang U. Eckart besonders die neuzeitlichen Bestände von der Renaissance bis zur Gegenwart mit den Schwerpunkten Nationalsozialismus, Medizin und Krieg sowie Tropenmedizin ausgeweitet. Neben dem chronologischen Teil enthält die Sammlung auch eine systematische Abteilung, in der die Dias nach ihrer Zugehörigkeit zu den medizinischen Disziplinen (Anatomie, Physiologie, Pathologie, Pharmakologie, Innere Medizin, Chirurgie usw.) aufgestellt werden. Umfangreiche Bestände zur Hospitalgeschichte und eine große Porträtsammlung ergänzen diese Abteilung. Die Diapositive stellen zum größten Teil Reproduktionen aus Druckwerken dar. Neben Porträts werden besonders Kupferstiche, Gemälde, Zeichnungen, Skulpturen, Karikaturen, Instrumente, Gebäude und medizinische Szenen abgebildet.